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Vers l'an 1800, Pablo, jeune métis, enfant naturel d'une esclave africaine et d'un commerçant espagnol, vit une vie de chien dans le petit village de la forêt amazonienne où le sort l'a fait naître. Il y subit, jour après jour, les persécutions des fils légitimes de son père. Fuyant les mauvais traitements et la dureté de sa condition, il part à la recherche de sa mère, que le commerçant a vendue, voici des années, pour l'éloigner.
Dans l'aventure qui l'emmène à travers plusieurs régions d'Amérique du Sud et lui fait affronter de nombreux dangers, Pablo va être aidé par deux Européens de passage, qui ne sont pas les premiers venus. Il s'agit du savant allemand Alexander von Humboldt et de son assistant français, le botaniste Aimé Bonpland, esprits éclairés, dont les travaux scientifiques et les prises de position humanistes vont marquer leur époque.