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Avec l'aide d'une IA de commandement, Hazel et ses amis ont réparé la brèche dans le Daedalus. Mais ce faisant, ils ont éveillé l'hostilité des yis, les extraterrestres qui maîtrisent en réalité l'arche spatiale. Après avoir échappé de justesse au piège tendu par ces créatures, Hazel doit à présent convaincre les habitants du Daedalus de l'existence des yis et de la nécessité de les combattre pour survivre.
Cependant, les dirigeants humains y voient un défi à leur autorité traditionnelle. A la recherche de preuves pour appuyer leurs dires, Hazel et ses compagnons s'aventurent de nouveau dans la section avant de l'arche, espérant y trouver une autre IA en état de fonctionnement pouvant les renseigner sur la cachette des yis et sur leurs manigances à bord du Daedalus depuis cinq cents ans.